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| Taxon | Collector | Date | Country | State/Province | Locality | Type Status | Barcode | ||
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| Sphaerella pinicola Fautrey | F. Fautrey s.n. | Sep 1890 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Environs d'Epoisses. | syntype | 03666025 |
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| Corticium polygonium Pers. | F. Fautrey s.n. | Feb 1897 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Bois de Vanal. | — | 1931033 |
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| Corticium polygonium Pers. | F. Fautrey s.n. | Feb 1897 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Bois de Vanal. | — | 1931037 |
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| Plasmopara umbelliferarum Unger | F. Fautrey s.n. | Oct 1890 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Bords de l'Armancon | — | 2759433 |
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| Plasmodiophora brassicae Woronin | F. Fautrey s.n. | 30 Sep 1982 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). D. C. Precy | — | 01926037 |
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| Diaporthe conjuncta (Nees) Fuckel | F. Fautrey 5351 | 27 Mar 1890 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Environ de Precy… | — | 2929708 |
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| Dasyscyphus ciliaris (Schrad.) Sacc. | F. Fautrey s.n. | — | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Epoisses. | — | 1721395 |
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| Dasyscyphus ciliaris (Schrad.) Sacc. | F. Fautrey s.n. | — | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Epoisses. | — | 1721397 |
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| Arcyria denudata (L.) Wettst. | F. Fautrey s.n. | Nov 1990 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Fontangy | — | 02571553 | ||
| Diaporthe dulcamarae Nitschke | F. Fautrey 7016 | Apr 1896 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Montagne de Bard… | — | 2929878 |
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| Diaporthe dulcamarae Nitschke | F. Fautrey 7016 | Apr 1896 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Montagne de Bard… | — | 2929879 |
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| Diaporthe fibrosa (Pers.) Fuckel | F. Fautrey | Ete 1890 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Environs d'Epoises (Cote-d'Or) | — | 2929997 |
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| Pistillina rubra Fautrey & Ferry | F. Fautrey | Aug 1892 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). "Côte-d'Or" | possible type | 776342 |
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| Pistillina rubra Fautrey & Ferry | F. Fautrey | Aug 1892 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). "Côte-d'Or" | possible type | 776343 |
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| Phyllosticta mimuli Ellis & Fautrey | F. Fautrey s.n. | s.d. | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). (in horto meo) | — | 00928794 |
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| Cercospora primulae Fautrey | F. Fautrey s.n. | 01 Jun 1890 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Bois des Roches | type | 00937131 |
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| Ramularia mercurialis-perennis Roum. | F. Fautrey s.n. | automne 1889 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Bois des Roches | syntype | 01042961 |
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| Laestadia mespili Roum. | F. Fautrey s.n. | May 1894 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Château de Charny | isotype | 00921966 |
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| Laestadia mespili Roum. | F. Fautrey s.n. | May 1894 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Château de Charny | isotype | 00921967 |
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| Pezizella clematidis Fautrey | F. Fautrey s.n. | Jul 1889 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). environs de Noidan | type | 01168135 |
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| Haplographium penicillioides Roum. | F. Fautrey s.n. | autumn 1889 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Forêt de Charny | type | 00945974 |
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| Gloeosporium vincetoxici Fautrey | F. Fautrey s.n. | Jul 1889 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Friches de Charny | type | 01087012 |
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| Ascochyta cucumis Fautrey & Roum. | F. Fautrey s.n. | Sep 1890 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). Jardin de Noidan | isotype | 01097087 |
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| Leptosphaeria viticola Fautrey & Roum. | F. Fautrey s.n. | Jun 1891 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). | isotype | 00914346 |
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| Leptosphaeria viticola Fautrey & Roum. | F. Fautrey s.n. | Jun 1891 | France | Bourgogne-Franche-Comté | Côte-d'Or (Dept.). | isotype | 00914347 |
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